El presente trabajo pretende analizar, desde una perspectiva histórica, la lucha por el reconocimiento de la autonomía de los pueblos indígenas en América Latina, a partir de la comparación de dos diferentes e importantes experiencias latinoamericanas: el caso de la región del Atlántico en Nicaragua, bajo el gobierno Sandinista, y la experiencia de una autonomía en resistencia del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) al sur de México. Consideramos que, en la actualidad, las autonomías indígenas han ido tomando cada vez más relevancia, debido a que están en la base de los procesos políticos de los pueblos indígenas en relación al Estado, contra la hegemonía capitalista, el colonialismo interno y los proyectos de despojo en contra de las comunidades.